وصول به مقام تجرّد قرب ذات پروردگار بود. ایشان با حقیقت وجود خود به باطن سرّ حقایق عالم تکوین رسیده و بر آنها اشراف کامل داشت. در نتیجه، مطالب ايشان ناشى از تراوشات باطن بصيرت ضمير وصول به حقایقِ عوالم ملکوتى بود.
حُسنِ سلوک، جاذبۀ عجیب اخلاقی و اجتماعی، احاطه و اشراف بر زوایای نفوس افراد، وصول به کُنه موقعیّت اشخاص، سعه ظرفيت از ویژگی‌های ایشان بود.
جامع علوم نقلی و عقلی
حضرت حاج سید هاشم حدّاد به ایشان فرموده بودند:
«سید محمدمحسن! روی درس خویش اِتقان* داشته باش!»
روی این جهت، ایشان مجدّانه به تحصیل علوم و معارف الهی پرداخت، تا جایی که به بالاترین مدارج علمی حوزوی نائل گشت.
ایشان در عرفان و فلسفه و فقه و اصول و پى‌‌بردن به کُنهِ معنای کلمات ائمۀ معصومین علیهم السلام دارای جامعیّتی کم‌نظیر بود و بر علوم ظاهری مانند پزشکیِ روز و هیئت اشراف داشت.
مأموریّتِ نشر مبانی توحیدی حضرت آیت‌اللَه سید محمدمحسن طهرانی
خصوصیت ویژۀ ایشان در تلقی حقایق عرفانی و جامعیت علمیِ کم‌نظیرشان سبب شد که مرحوم علامۀ طهرانی به ایشان فرمودند:
«ما به تكليف ظاهری خود عمل كرديم و حقايق را به رشتۀ تحرير درآورديم؛ از اين به بعد تو باید اين مبانى را تبیین و تبليغ كنى و به گوش همه برسانى، تا به‌دست فراموشى سپرده نشود.»
پیرو آن وصیت مهم، ایشان با قلم شیوا و بیان رصینِ خود به نشر و تبیین مبانی مکتب عرفان پرداختند و بسیاری از آثار گران‌سنگ مرحوم علامۀ طهرانی را با مقدمه و تعلیقاتی منتشر نمودند.
بدین جهت ایشان را می‌توان مهم‌ترین مقرِّر و تبیین‌گر مکتب توحیدی مرحوم علامۀ طهرانی و مدرسۀ عرفان در سنوات اخیر دانست.
حریّت و پاسداری از حریم اهل‌بیت
در بیان احکام شرع تبیین مُرّ حق (یعنی مطلب حقّی که پذیرش آن تلخ و سنگین باشد) هیچ گونه مصلحت‌اندیشی در ضمیر او نمی‌گنجید. چنان استحکام و اِتقانی داشت که اگر کوهها از جاى می‌لرزید او در کلامش نمی‌لرزید! گویی اگر تمام عالم در برابر مطالب مبانى حقّ او بایستد او یکتنه خواهد ایستاد!
ایشان حقیقت دین را ولایت حضرات معصومین علیهم السلام می‌دانست در حمیّت و عِرقِ احیای مکتب اهل‌بیت علیهم السلام و حفظ حدود آن بی‌نظیر بود.
حریم امامت را خطّ قرمز تشیّع می‌دید و اطلاق لفظ «امام» و تعابیری مانند «حسینِ زمان» «علیِ زمان» را بر غیر امام معصوم به‌طور مطلق جایز نمی‌دانست.
گزیده‌ای از بیانات آیت‌اللَه سید محمدمحسن حسینی طهرانی
مرجعیت و فتوا
می‌فرمودند:
«مرجع تقلید باید به ملکۀ طهارت نفس رسیده باشد و چشمان ملکوتى او تمام امور پشت پرده حوادث آینده را آشکارا مشاهده کند.»«مرجعیّت شیعه نباید فقط در مجالس عزاداری اهل‌بیت با مردم همراه باشد بلکه باید در فتنه‌ها ناهنجاری‌ها ناروایی‌ها گرفتاری‌های مردم نیز با آنها هم‌نوا هم‌صدا شود. تنها به تماشا نظاره ننشیند و از هیچ تهدید ارعابی هراس به خود راه ندهد.»
نسل جوان
«جوانان به فطرت الهی صفات ربوبی از سایرین نزدیک‌ترند. جوان امروز بیش از آنکه به سخنان ما گوش فرا دهد. به عملکرد رفتار ما مىاندیشد و آن را با موازین فطرى عقلانى خویش به محک سنجش می گذارد.»
«تألیف کتابهاى فقهى اخلاقى در برابر یک دروغ خلاف، پشیزى به حساب نمی آید و برگزارى مجالس وعظ خطابه در برابر رویکرد خلاف اخلاق، سودى نخواهد بخشید.»
«امروزه دیگر سخن از طهارات و نجاسات با نسل جوان ثمرى ندارد و رساله هاى عملیّه در فضاى فرهنگ باورهاى نسل جدید چندان مشکلى را حل نخواهند کرد!»
حقیقت تشیّع
بارها می‌فرمودند:
«شیعۀ امیرالمؤمنین علیه السلام کسی است که به‌دنبال او حرکت کند هرچند به‌ظاهر نصرانی باشد! مخالف امیرالمؤمنین علیه السلام کسی است که برخلاف مسیر ولایت او که مسیر حق است،حرکت کند هرچند به‌ظاهر شیعه باشد!»
«آن پرستار مسیحى که براى خاطر خدا خدمت به بیماران را به‌نحو احسن با روى خوش انجام می دهد حقّاً واقعاً شیعۀ امیرالمؤمنین علیه السلام است!»
«آن پرستار شیعه که با مریضان به‌خشونت برخورد مىنماید و قلب آنها را میشکند از مذهب امیرالمؤمنین علیهالسلام به‌دور است!»